Povijest družbe Školskih sestara franjevki započinje u Gradcu u Austriji, sa skupinom učiteljica jedne privatne škole okupljenih oko sestara Antonije i Amalije Lampel. One su bile članice franjevačkog svjetovnog reda, a svojim djelovanjem željele su pomagati najprije onima koji nisu imali mogućnosti školovati se u nekoj ustanovi gdje se skupo plaćala školarina. Budući da su se, potaknute franjevačkim duhom, okrenule prema najpotrebnijima, dobile su poticaj i podršku od strane Crkve za svoje djelovanje. Naime, biskup Sebastian Zängerle, na zahtjev Antonije Lampel, odobrio je život male skupine učiteljica, te im na temelju Pravila III. Reda sv. Franje sastavio pravilo života, tj. Statute za novu Družbu koji su odobreni od pape Grgura XVI. prije nego li je družba i počela živjeti kao redovnička zajednica što je inače bilo neuobičajeno u crkvenoj praksi: najprije se živi po pravilima a tek onda budu potvrđena. Zajednica je započela svoj povijesni hod skromno: iz dobre volje i kršćanskog smisla za rizik u prvom redu. Prvo redovničko oblačenje obavljeno je 24. rujna 1843. u kapeli sestara milosrdnica, jer mlada zajednica nije imala ni svoje kapelice, a prva učiteljica novakinja bila je posuđena iz jedne tirolske zajednice Školskih sestara franjevki.
Ustanovljenje podružnice Školskih sestara franjevaka u Mariboru bilo je popraćeno raznim poteškoćama jer je trebalo tražiti razna dopuštenja od crkvenih i državnih vlasti te pripraviti sve za dolazak sestara. Velik doprinos dolasku u Maribor dao je papa Pio XI. koji je smatrao da je odgoj mladih pod vodstvom redovnica nužan za Crkvu u Sloveniji te je i mariborskom biskupu Slomšeku preporučio da što prije u svojoj biskupiji osnuje kakav odgojni zavod za mlade koji bi vodile redovnice što je on i pokušao ostvariti. Za dolazak sestara zaslužno je također i Društvo katoličkih gospođa koje se bavilo odgojem mladeži u Mariboru. Ono se obratilo biskupu Stepišniku, Slomšekovom nasljedniku, s molbom da on kao crkvena vlast uputi poziv sestrama u Graz da preuzmu dvije ustanove tog Društva: sirotište i školu ručnih radova. Budući da je državna vlast zatezala s davanjem dopuštenja da se sestre nasele u Mariboru, po savjetu jednog pravnika sastavljen je ugovor u kojem je stajalo da se ne radi o osnivanju nove redovničke kuće i neke nove škole Školskih sestara, nego da sestre preuzimaju vodstvo ustanova Društva katoličkih Gospođa u Mariboru uz godišnju plaću i tako dugo dok obje strane budu sporazumne. Vlast se s time složila i napokon su iz Graza mogli izvijestiti da bi se dolazak sestara mogao očekivati u listopadu 1864. godine. U kronici kuće u Eggenbergu (Graz) opisan je odlazak sestara u Maribor. Zajedno sa časnom majkom Katarinom Luegger uputile su se 15. listopada 1864. tri sestre: s. Margareta Pucher, s. Veronika Bauer, s. Salezija Weitzer, a nakon nekoliko tjedana pridružila im se i s. Ksaverija Langus. Tako je konačno započelo djelovanje Školskih sestara III. Reda sv. Franje u Mariboru.
Prvi koraci sestara u Mariboru bili su jako plodni. Broj djece u školama je rastao, zanimanje za moral i katolički odgoj bilo je veoma izraženo te je uskoro trebalo još sestra da bi se mogle pokriti sve potrebe. Budući da zajednica iz Graza nije mogla odvojiti sestre mimo njihovog izričitog pristanka i privole, S. Margareta Pucher, predstojnica sestara u Mariboru, moli od kuće matice u Grazu osamostaljenje kuće u Mariboru jer se nadala da će se sestre koje su iz mariborske biskupije rado odlučiti za novu matičnu kuću. Iako je prvi odgovor na njenu molbu bio negativan, sve se završilo tako da je 5 sestara, koje su se same odlučile za Maribor, otpušteno iz matične kuće u Grazu suglasnošću i odlukom sekavskog biskupa. Tako je nastala jezgra nove družbe u Mariboru. Biskup Stepišnik je 13. rujna 1869. Imenovao s. Margaretu Pucher prvom vrhovnom predstojnicom mariborske zajednice, tj. časnom majkom samostalne Družbe. Ovaj je dan u zajednici zabilježen kao dan početka djelovanja Školskih sestara franjevki Krista Kralja u Mariboru, ali i kao dan početka osnivanja nove Kongregacije.
Na samom početku, novoosnovana zajednica u Maribor djelovala je po Statutima i Konstitucijama Školskih sestara u Grazu. Godine 1922. Sv. Stolica je odobrila Kongregaciji vlastite konstitucije i priznala je redovničkom ustanovom papinskog prava. Na Vrhovnom kapitulu 1935. g. naslovu je još dodano Krista Kralja. Ovim karizmatskim naslovom Družbe htjelo se razlikovati od drugih franjevačkih družbi, i utvrditi u sestrama svijest da je smisao njihova života, odgoja i rada u naviještanju Kraljevstva Kristova u svijetu.
U Dubrovačkoj biskupiji Školske sestre franjevke Splitske provincije žive u samostanu Sigurata u Dubrovniku i u Trpnju, dok Školske sestre franjevke Mostarske provincije žive na Pilama.